Mais l'artiste ne s'arrête pas là, et s'apprête à sortir un sixième album solo en 2002. Porté par le titre « Soldier's Heart » (titre rendant hommage aux soldats américains ayant combattu en Irak), la sortie de l'album est prévue pour novembre 2002. Cepandant cet album, Loveland, ne verra jamais le jour pour cause de piratage massif (ce qui fut également l'une des raisons de l'échec de Best Of Both Worlds).

Un malheur n'arrivant jamais seul, R. Kelly doit faire face au même moment, à de sévères accusations, pouvant ruiner à jamais sa carrière d'artiste ainsi que sa vie privée...
L'artiste est arrêté le 4 juin 2002 chez lui, à Chicago, sur la base de 21 chefs d'accusation de pédophilie et détournements de mineur. Il nie les faits et plaide non coupable.

Cette affaire viendra entâcher sa réputation, déjà mise à l'épreuve lors de son mariage illégitime avec Aaliyah
Ces rumeurs prendront une dimension non négligeable, l'artiste risquant 15 ans de prison... Plusieurs de ses « amis » du showbusiness le lâcheront dans la tourmente (Jay-Z, mais aussi Nivea et Truth Hurts qui reculeront dans la promo des titres crédités par Kellz : respectivement « Laundrymat » et « The Truth »).
Certaines radios iront même jusqu'à boycotter les titres phares de l'artiste, et l'on verra des manifestations anti-R. Kelly se dérouler dans sa ville natale de Chicago.
(La moitié de ces charges seront abandonnées en juin 2004, faute de preuves légitimes). (alors âgée de 15 ans, et prétendant en avoir 18), et aux suites de plusieurs plaintes antérieures.

Relégué au rang de boulet, R. Kelly traverse alors une passe plus que difficile. Consigné chez lui, il entame une période de réflexion et s'investit ainsi complètement dans son art. 

En 2003, l'annonce de son nouvel album laisse tout le milieu perplexe.
Tout le monde le croit fini, mais Chocolate Factory parait et fait un tabac en rentrant directement en tête des charts (532 000 copies écoulées la semaine de sa sortie).
Blessé, affaibli et fragile psychologiquement, mais plus que jamais fort artistiquement, R. Kelly prend à contre-pied toute l'industrie en clouant le bec à ses détracteurs avec un des albums les plus accomplis de toute sa carrière.

La recette est la même que celle de ses précédents succès, cependant les thèmes abordés semblent plus vertueux, et les lyrics apparaissent moins explicites que d'accoutumée.
Néanmoins, l'artiste conserve son légendaire phrasé et poétisme, même si le thème du sexe est de plus en plus délaissé.
Ballade amoureuses telles que « You Made Me Love You », « I'll Never Leave » ou titres plus sensuels tels que « Step In The Name Of Love » (qui rappelle l'époque post-Aaliyah avec ses morceaux aux refrains et à la rengaine lancinante), « Imagine That » qui est construit comme l'amour et reste empreint d'originalité grâce aux mélanges de guitare rock à la mélodie Rnb façonnent ce brillant opus.
L'album regorge également de titres plus dancefloor tels que l'excellent remix de « Ignition » et ses arrangements vocaux exceptionnels, « Who's That » avec Fat Joe (qui rappelle « Fiesta »), et enfin « Snake ».
L'album contient des titres plus spirituels comme en témoigne le superbe « Heart Of A Woman » qui rend hommage aux femmes, et à sa mère en particulier; des titres rappelant directement ses oeuvres passées tels que l'excellent « Show Down » avec la participation du grand Ron Isley (et la magie entre les deux artistes opère toujours!) et « Forever More » qui nous remémorent la magnifique saga « Down low ».
L'état d'esprit de persécution se fait grandement sentir au travers des textes de cet album, notamment dans « Been Around The World » où l'homme s'adresse à tous ses détracteurs mais aussi aux fans l'ayant soutenu.
Enfin, le titre « You Knock Me Out » (une des plus belles pistes de l'album) confirme encore plus la qualité de ce disque et renvoie aux sources oldschool de l'artiste. En effet, pour cet album, l'artiste a opéré à un véritable retour aux sources et nous offre là un de ses plus beaux alnums, le plus personnel et intime entièrement produit et interprété par lui-même.